햄스터 사육장의 위생 관리는 배설물과 먹이 찌꺼기에 의한 오염을 줄이고 바닥재와 둥지를 건조하게 유지하는 사육 관리이다. 햄스터는 냄새를 환경 인식에 이용하므로, 청소 과정의 과도한 교란도 함께 고려한다.
부분 청소와 전체 청소
부분 청소에서는 젖거나 더러워진 바닥재, 배설물, 먹다 남긴 먹이를 제거하고 먹이와 물 용기를 관리한다. 전체 청소의 간격은 사육장 크기와 배설 장소, 오염 정도에 따라 달라진다. 따라서 모든 사육장에 같은 간격을 일률적으로 적용하지 않는다.
바닥재와 익숙한 냄새
흡수성이 있는 적절한 바닥재는 소변을 흡수하고 굴을 파는 행동을 가능하게 한다. 향이 첨가된 바닥재는 호흡기를 자극할 수 있다. 전체 청소 때에는 깨끗하고 마른 기존 바닥재를 소량 남겨 새 바닥재와 함께 넣어 익숙한 냄새를 보존한다. 젖거나 배설물로 오염된 바닥재를 보존한다는 뜻은 아니다.
청소와 상태 관찰
청소는 햄스터가 깨어 있을 때 시행해 수면 방해를 줄인다. 사육장과 용품을 세척한 뒤에는 충분히 헹구고 완전히 말린다. 털이나 꼬리의 오염, 설사, 식욕 저하, 활동 감소와 같은 변화는 단순한 사육장 냄새와 구분해 관찰하며, 이상이 나타나면 수의사의 평가가 필요하다.