같은 색이어도 퍼지는 초점
서로 다른 위치를 통과한 광선들이 다른 곳에 모이면 점 하나의 영상이 퍼져 보인다. 이 문제는 여러 색이 섞여 있어야만 생기는 현상이 아니다. 파장을 하나로 줄이는 것과 광선 위치에 따른 초점 차이를 줄이는 것은 서로 다른 보정 과제이다.
공초점에서 신호가 줄 수 있다
공초점 현미경은 초점에서 벗어난 빛을 핀홀로 줄인다. 구면수차 때문에 관심 대상의 빛이 퍼지면 그 빛의 일부도 검출 경로에서 제외될 수 있다. 따라서 형상이 비교적 또렷해 보이더라도 검출 신호가 충분히 유지되는지 따로 검토해야 한다.
굴절률이 맞지 않는 매질
대물렌즈가 설계된 침지 매질과 시료를 둘러싼 매질의 굴절률이 다르면 구면수차가 중요해질 수 있다. 시료 속으로 들어가는 깊이에 따라 문제가 커질 수도 있다. 높은 배율이나 개구수라는 표기만으로 모든 깊이와 매질에서 같은 영상 품질이 보장되는 것은 아니다.
덮개유리와 보정 조건
대물렌즈의 보정 조건에는 덮개유리 두께가 관련될 수 있다. 보정 고리가 있는 렌즈에서는 실제 조건에 맞는 설정이 중요하다. 렌즈의 기본 성능과 사용 조건이 어긋나 생긴 오차를 구분해야 영상의 흐림이나 신호 감소를 해석할 수 있다.