원문과 렌더링 결과
텍스트에서 사용한 기호는 변환 과정에서 제목이나 강조 같은 구조로 해석될 수 있다. 원문 파일과 화면에 꾸며진 결과는 같은 정보의 서로 다른 표현이다. 편집기에서 보이는 모습이 저장된 원문 자체와 같다고 볼 수는 없다.
블록과 인라인
문단과 제목, 코드 블록 같은 큰 구조와 문장 안의 링크나 강조를 구분해 다룬다. 기호가 놓인 위치와 주변 공백에 따라 해석이 달라질 수 있다. 특정 기호를 적었다는 사실만으로 모든 위치에서 같은 기능이 생기지는 않는다.
구현마다 다른 확장
마크다운을 처리하는 도구들은 공통된 문법 외에 표나 다른 기능을 추가할 수 있다. 따라서 한 서비스에서 보이던 문서가 다른 도구에서 완전히 같은 모양으로 보장되지는 않는다. 사용할 사양과 확장을 확인해야 한다.
문서와 웹 출력
마크다운은 HTML 등 다른 형식으로 변환될 수 있지만 그 자체가 브라우저 화면이나 완성된 웹사이트는 아니다. 문서의 표기와 변환기, 화면 스타일이 함께 결과를 만든다. 같은 원문도 적용한 스타일과 변환 규칙에 따라 다르게 보일 수 있다.