먼저 연결 관계를 확인한다
입체적인 차이를 비교하기 전에 원자들의 연결과 결합의 다중성이 일치하는지 확인한다. 탄소 골격 자체가 다르면 공간에서 비슷하게 보이더라도 구조 이성질체의 문제다. 연결이 같은 분자들 사이에서 공간 배열을 비교해야 입체 이성질체를 판단할 수 있다.
회전한 그림을 구별한다
종이 위 그림을 돌리거나 관찰 방향을 바꾼 것만으로 다른 입체 이성질체가 되지는 않는다. 분자 전체를 움직였을 때 같은 원자와 결합이 일치하는지 살펴야 한다. 원자의 화면상 좌우 위치만 비교하면 같은 구조를 서로 다르다고 오해하기 쉽다.
거울상 관계를 살핀다
입체 이성질체 가운데 서로 겹쳐지지 않는 거울상 관계인 쌍은 거울상 이성질체라고 한다. 입체 이성질체이지만 그러한 거울상 쌍이 아닌 관계도 있다. 따라서 입체 이성질체라는 말과 거울상 이성질체라는 말을 같은 범위로 사용하지 않는다.
구조 표현에 필요한 정보
입체 구조를 구별하려면 평면의 연결선만으로 부족할 수 있다. 쐐기 모양의 결합 표시나 입체 좌표 같은 추가 정보로 종이 앞뒤의 배치를 나타낸다. 표시를 생략한 구조식만 보고 입체 구조가 유일하게 정해졌다고 단정하기는 어렵다.