원자 수보다 연결을 본다
두 구조에서 각 원소의 수를 확인한 뒤 원자 사이 연결을 비교한다. 탄소 원자의 수가 같더라도 하나의 사슬로 이어진 경우와 가지를 가진 경우의 연결은 다를 수 있다. 이 비교에는 구조식이 분자식보다 많은 정보를 제공한다.
직선 사슬과 가지 사슬
C₄H₁₀을 갖는 탄소 골격을 생각하면 네 탄소가 한 줄로 이어진 구조와, 한 탄소가 다른 세 탄소에 연결된 가지 구조를 구별할 수 있다. 각 탄소의 남은 결합을 수소로 채우면 두 경우 모두 수소 열 개가 된다. 분자식은 같지만 탄소 사이 연결이 다르다.
그림을 구부리는 것과 다르다
탄소 사슬을 종이에 지그재그로 그리거나 구부려 그렸다고 해서 연결이 바뀌는 것은 아니다. 각 탄소가 몇 개의 탄소와 직접 연결되는지를 확인하면 그림 모양에 속지 않고 골격을 비교하기 쉽다. 원자 이름을 다시 붙이는 것 역시 새로운 구조를 만들지 않는다.
입체 이성질체와의 경계
구조 이성질체에서는 연결 관계 자체가 달라진다. 연결과 결합의 다중성은 같은데 공간 배열만 다른 경우는 입체 이성질체의 문제다. 따라서 입체적인 차이를 검토하기 전에 두 구조의 연결 관계가 일치하는지를 먼저 확인한다.