분자식과의 차이
분자식은 분자에 포함된 원자의 종류와 개수를 나타낸다. 구조식은 여기에 원자 사이의 연결 관계를 더한다. 같은 분자식이라도 연결 방식이 다르면 서로 다른 물질일 수 있다.
결합을 읽는 방법
원자 기호 사이의 선은 공유 결합을 나타낸다. 선 하나, 둘, 셋으로 단일 결합, 이중 결합, 삼중 결합을 구별한다. 물의 H–O–H는 두 수소가 각각 산소와 연결됨을 나타내지만, 종이에 일직선으로 적었다고 실제 분자가 직선형이라는 뜻은 아니다. 분자의 입체 모양을 표현하려면 별도의 표기나 모형이 필요하다.
표현의 생략
축약 구조식과 골격식은 일부 기호나 결합선을 약속에 따라 생략한다. 생략된 원자와 결합을 복원하려면 해당 표기 규칙을 알아야 한다. 루이스 전자점식은 원자가 전자와 비공유 전자쌍까지 나타내므로 단순한 선 결합 구조식과 정보의 범위가 다르다.