압력으로 액체를 흐르게 한다
펌프는 정해진 흐름으로 이동상을 공급하고 시료는 그 흐름에 주입된다. 시료 성분이 고정상을 포함한 컬럼을 지나며 분리된 뒤 검출기로 이동한다. 펌프가 시료의 분자 구조를 알아내는 것은 아니며 각 부분은 운반, 분리, 검출이라는 다른 역할을 맡는다.
컬럼 선택이 분리를 바꾼다
고정상과 성분의 상호작용 차이는 분리를 좌우한다. 따라서 모든 성분이 동일한 컬럼에서 충분히 구분된다고 가정할 수 없다. 분석하려는 물질에 적합한 고정상과 이동상 조건을 선택해야 하며, 장치에 액체를 흘렸다는 사실만으로 원하는 분리가 달성되는 것은 아니다.
검출 신호가 결과가 된다
검출기는 컬럼에서 나온 성분에 반응하고 데이터 시스템은 응답을 시간에 따른 크로마토그램으로 정리한다. 피크는 성분이 검출된 구간을 나타내지만 신호의 의미는 사용한 검출 방식에 달려 있다. 분리 과정과 검출 과정을 하나의 작용으로 혼동하지 않는 것이 중요하다.
조건을 함께 기록한다
이동상의 조성, 고정상의 화학적 성질, 온도는 분리 결과에 영향을 준다. 같은 시료라도 조건이 달라지면 피크가 나타나는 위치와 분리 상태가 달라질 수 있다. 서로 다른 결과를 비교할 때에는 그래프 모양뿐 아니라 분석 조건이 같았는지도 확인해야 한다.