위치가 위상을 바꿈
같은 종류 원자라도 단위 격자의 어디에 있는지에 따라 산란파가 관측 방향에 도달하는 위상이 다를 수 있다. 구조 인자는 이 기여들을 복소수로 합한다. 원자 수만 세어 각각의 산란 크기를 더하면 상쇄되는 간섭을 놓치게 된다.
두 위치의 예
동일한 산란인자 f를 가진 원자가 (0,0,0)과 (1/2,1/2,1/2)에 있으면 F=f[1+exp(πi(h+k+l))]다. h+k+l이 홀수이면 0, 짝수이면 2f가 된다. 따라서 두 원자가 존재해도 어떤 반사의 진폭은 사라질 수 있다.
격자 조건과 세기
역격자와 에발트 구의 기하학적 조건은 가능한 반사 위치를 알려 준다. 그 위치의 실제 세기는 단위 격자 안의 원자 종류와 배치에도 달려 있다. 격자 조건을 만족한다는 사실만으로 모든 반사가 같은 밝기로 관측되지는 않는다.
위상 정보의 문제
일반적인 회절 강도 측정으로 구조 인자의 크기에 대한 정보를 얻지만 위상은 직접 주어지지 않는 경우가 많다. 원자 구조를 복원할 때 이 위상 문제를 별도로 해결해야 한다. 실제 세기를 비교할 때에는 열적 운동, 점유율과 기하학적 보정 등도 고려한다.