두 장치의 역할
GC는 기화된 혼합물의 성분을 컬럼에서 분리한다. 이어서 나온 성분을 질량 분석기에서 이온화하고 m/z에 따라 분석한다. 앞단에서 이동 시간을 구별하는 것과 뒷단에서 이온을 구별하는 것은 별개의 과정이며, 함께 사용해 더 많은 정보를 얻는다.
시간축과 질량축
주입 뒤 시간에 따른 신호를 보면 크로마토그램이 된다. 특정 시점의 이온 신호를 m/z 축에서 살펴보면 질량 스펙트럼이 된다. 따라서 크로마토그램의 한 피크가 질량 스펙트럼의 이온 피크 하나와 일대일로 같은 대상을 뜻하는 것은 아니다.
전체 신호와 선택한 이온
여러 이온의 신호를 합친 시간 기록은 총 이온 전류 크로마토그램으로 나타낼 수 있다. 특정 m/z 성분만 골라 시간에 따라 살피는 방법도 있다. 두 표현은 같은 측정의 서로 다른 단면을 보여 줄 수 있으므로 어떤 이온 정보를 합치거나 선택했는지 확인해야 한다.
측정 모드를 확인한다
사중극자 분석기에서는 넓은 범위를 훑는 스캔 방식과 정해진 이온을 집중적으로 관측하는 선택 이온 모니터링을 사용할 수 있다. 미리 정한 이온만 기록했다면 나중에 모든 m/z의 전체 스펙트럼이 자동으로 생기는 것은 아니다. 분석 목적에 맞춘 모드 선택과 기록 범위가 결과의 해석 범위를 정한다.