전통적 이름과 계통
새를 제외하고 파충류라고 부르는 일상적 범위와, 공통 조상 및 모든 후손을 함께 보는 계통적 범위는 다르다. 어떤 설명을 읽을 때는 새가 포함된 뜻인지 먼저 확인해야 한다. 이름이 같아도 기준에 따라 가리키는 범위가 달라질 수 있다.
체온이 항상 차가운 것은 아니다
일상적인 냉혈이라는 표현은 몸이 늘 차갑다는 뜻으로 오해하기 쉽다. 많은 비조류 파충류는 외부의 열과 행동 조절을 이용해 체온에 영향을 준다. 햇볕과 그늘을 옮겨 다니는 행동도 온도 조절과 관련된다.
알과 새끼의 다양성
많은 종류가 알을 낳지만 새끼를 낳는 종류도 있다. 따라서 딱딱한 껍질의 알을 낳는다는 조건 하나로 파충류 전체를 정의할 수 없다. 발생 과정의 공통성과 종별 번식 방식의 차이를 나누어 보아야 한다.
다리의 유무만으로 구분하지 않기
뱀은 다리가 없지만 네발동물 계통의 후손이다. 현재 보이는 기관이 줄어들거나 사라질 수 있으므로 성체의 외형만으로 조상과의 관계를 판단하기 어렵다. 계통과 발달, 해부학적 정보가 함께 필요하다.