분자에 붙는 표지
메틸기는 탄소와 수소로 이루어진 작은 화학적 기다. DNA 메틸화는 기존 DNA에 이런 화학적 표지가 더해지는 현상이다. 새 유전자를 삽입하거나 DNA의 특정 구간을 통째로 잘라내는 과정과 같은 뜻은 아니다.
발현 조절과의 관계
메틸화된 위치는 DNA와 상호작용하는 분자들의 작용에 영향을 줄 수 있다. 유전자의 발현과 연결될 수 있지만 메틸화가 있으면 언제나 모든 전사가 멈춘다는 일반 법칙으로 이해해서는 안 된다. 어느 위치의 어떤 메틸화를 보는지가 중요하다.
세포 분열과 상태 유지
일부 메틸화 상태는 세포가 나뉘어도 유지될 수 있어 후성유전학의 연구 대상이 된다. 세포 분열 동안의 유지와 개체 사이의 세대 간 전달은 구분해야 한다. 메틸화 표지가 있다는 사실만으로 변화가 영구적으로 자손에게 유전된다고 결론 내릴 수 없다.
생물에 따른 역할
세균에서도 DNA 메틸화가 나타나며 자기 DNA와 외래 DNA의 인식에 관여하는 체계와 연결될 수 있다. 따라서 메틸화를 사람의 유전자 발현 조절만을 위한 현상으로 좁히면 안 된다. 생물과 분자 위치에 따라 맡는 역할을 나누어 살핀다.