양쪽에서 하나씩 고른다
이중 결합의 왼쪽 탄소에 붙은 두 원자단을 비교해 우선순위가 높은 것을 고른다. 오른쪽 탄소에서도 같은 일을 한다. 네 원자단을 한꺼번에 크기순으로 세워 가장 큰 것 둘을 고르는 방식이 아니다. 양쪽에서 선택한 하나씩의 상대 위치가 중요하다.
직접 붙은 원자부터 비교한다
가장 단순한 경우에는 탄소에 직접 붙은 원자의 원자 번호가 클수록 우선순위가 높다. 예를 들어 한쪽에 Br과 H가, 다른 쪽에 F와 H가 붙었다면 각각 Br과 F를 고른다. 직접 붙은 원자가 같으면 그다음 연결을 비교하는 규칙이 필요하며, 원자단 이름의 길이나 전체 질량으로 정하지 않는다.
같은 쪽이면 Z, 반대면 E
앞의 예에서 이중 결합을 가로로 그렸을 때 Br과 F가 위쪽에 함께 있으면 Z다. Br은 위쪽이고 F는 아래쪽이면 E다. 그림 전체를 돌려도 두 원자단의 상대 배치는 같으므로 표기는 바뀌지 않는다.
시스와 무조건 대응시키지 않는다
시스-트랜스 표기는 비교하는 원자단이 무엇인지에 의존한다. E-Z는 양쪽의 CIP 우선순위로 기준을 정한다. 따라서 모든 구조에서 시스는 Z, 트랜스는 E라고 바꾸어 읽을 수는 없다. 한쪽 탄소에 동일한 원자단 두 개가 붙은 경우에도 일반적인 알켄의 E-Z 구분이 성립하지 않는다.