이웃만으로 부족한 관계
가장 가까운 이웃을 모으는 것만으로는 여러 이웃 집단 사이의 상대 위치가 충분히 정해지지 않을 수 있다. PaCMAP은 중간 근접 쌍에 대한 인력을 추가하고 먼 쌍에는 반발을 적용하는 구조를 사용한다. 가까운 관계를 유지하면서 모든 점이 한곳에 겹치는 것을 막도록 한다.
중간 근접 쌍의 선택 예제
대표 선택 과정은 무작위로 뽑은 여섯 후보 중 두 번째로 가까운 점을 사용한다. 후보 거리가 1,3,4,8,9,12라면 거리 3인 점이 선택된다. 이는 전체 자료에서 두 번째로 가까운 점을 고르는 것과 다르다. 무작위 후보를 바꾸면 선택 결과도 달라질 수 있다.
초기 배치에서 국소 세부로
초기에는 중간 근접 쌍의 영향을 크게 주어 넓은 배치를 만들고, 이후 그 영향을 줄이며 가까운 이웃의 세부 구조를 다듬는다. 같은 쌍을 쓰더라도 단계별 가중치가 바뀌면 최적화 방향이 달라진다. 항상 동일한 힘으로 점들을 끌고 미는 정적인 그래프 배치와 구분된다.
함께 확인할 평가 기준
국소 이웃의 보존과 넓은 배치의 보존은 서로 다른 기준이다. 그림이 보기 좋다는 이유만으로 두 기준이 모두 만족됐다고 판단하지 않는다. 이웃 수와 쌍 선택 비율, 초기화를 바꾸어 안정성을 비교하고 원자료의 거리와 과제 성능도 함께 확인한다. 낮은 차원의 빈 공간 자체를 실제 자료의 빈 영역으로 해석하는 데에는 주의가 필요하다.