함께 전사한다는 뜻
유전자들이 염색체에서 가까이 있다는 사실만으로 오페론이라고 부르는 것은 아니다. 공통된 전사 단위로 묶여 조절되는 관계가 중요하다. 하나의 RNA에 여러 단백질을 지정하는 구간이 들어갈 수 있으며, RNA 하나가 반드시 단백질 하나에만 대응해야 하는 것은 아니다.
조절 부위와 조절 단백질
프로모터는 전사를 시작하는 기구가 작용하는 부위다. 작동 부위에 결합하는 억제 단백질이나 전사를 돕는 활성 단백질은 발현 정도에 영향을 준다. 이런 단백질 자체를 암호화하는 유전자가 반드시 해당 오페론 내부에 있어야 하는 것은 아니다.
환경에 따른 발현
필요한 물질이 이미 충분하면 합성 경로의 유전자 발현을 줄이고, 사용할 기질이 생기면 분해 경로의 발현을 높이는 조절이 가능하다. 모든 오페론이 같은 방향의 스위치로 작동하지는 않는다. 어떤 분자가 조절 단백질의 활성을 바꾸는지와 그 단백질이 전사를 어떻게 바꾸는지를 함께 살핀다.
같은 RNA와 같은 단백질 양
공동 전사는 유전자 발현을 묶는 중요한 방법이지만 각 단백질의 최종 양이 반드시 같다는 뜻은 아니다. 번역 효율이나 단백질의 분해 등 다른 단계도 양에 영향을 줄 수 있다. 오페론의 구성을 아는 것과 실제 세포에서의 발현량을 측정하는 것은 구분된다.