유전자 목록보다 넓다
유전체는 단백질을 만드는 유전자들만을 모은 목록이 아니다. 조절과 관련된 서열을 포함해 비암호화 영역도 들어 있다. 특정 영역이 단백질을 암호화하지 않는다는 사실만으로 기능이 전혀 없다고 단정할 수 없다.
핵 밖의 유전 물질
진핵생물에서는 핵의 DNA 외에 미토콘드리아, 식물의 엽록체 등에 있는 유전 물질도 구분해 다룬다. 어떤 연구에서 핵 유전체만을 말하는지 전체 유전 물질을 말하는지 범위를 확인해야 한다.
크기와 복잡성
유전체 크기는 서열의 양을 나타내지만 생물의 복잡성을 한 줄로 재는 척도는 아니다. 반복 서열과 염색체 구성 등 여러 요인이 크기에 영향을 준다. DNA가 더 많다는 이유만으로 더 많은 유전자나 더 복잡한 몸을 곧바로 뜻하지 않는다.
참조와 실제 개체
참조 유전체는 서열을 비교하고 위치를 지정하는 기준으로 쓰인다. 실제 개체들의 서열이 그 기준과 모두 같다는 뜻은 아니다. 기준 서열과 개체 사이의 변이를 구분해야 유전체 자료를 정확하게 해석할 수 있다.