어떤 과정을 시작하는가
전사는 DNA의 정보를 바탕으로 RNA를 만드는 과정이다. 프로모터는 이 과정의 시작과 관련된 영역이지 RNA를 단백질로 번역하는 리보솜 자체가 아니다. 전사 시작 위치와 단백질 번역 시작 위치도 같은 뜻으로 쓰면 안 된다.
서열과 단백질의 구분
프로모터는 DNA상의 영역이고 그곳에서 작용하는 전사 인자는 단백질이다. DNA 영역 자체가 촉매 단백질로 바뀌는 것이 아니다. 어떤 단백질이 어느 영역에 결합하고 다른 분자를 어떻게 모으는지 구분하면 조절 과정을 이해하기 쉽다.
다른 조절 영역과의 관계
프로모터는 인핸서 등 다른 조절 영역과 함께 전사에 영향을 줄 수 있다. DNA가 공간적으로 접히면 서열상 떨어진 영역들의 작용이 연결될 수 있다. 따라서 유전자의 발현을 바로 앞의 짧은 DNA 구간 하나만으로 설명할 수 있는 것은 아니다.
비암호화 변화의 의미
단백질을 지정하는 서열이 그대로여도 프로모터의 변화가 RNA 생성 정도에 영향을 줄 수 있다. DNA 변이의 영향을 평가할 때는 암호화 부위의 변화만 볼 수 없는 이유다. 다만 프로모터에 변화가 있다는 사실 하나만으로 발현 변화의 크기와 방향이 자동으로 정해지는 것은 아니다.