분자식이 알려 주지 않는 것
분자식은 분자에 포함된 원소와 원자 수를 나타낸다. 그러나 어느 원자가 어느 원자에 붙어 있는지, 연결된 원자들이 공간에서 어떻게 놓이는지까지 모두 지정하지는 않는다. 같은 분자식에서 서로 다른 구조가 가능하면 이성질체를 구별할 필요가 생긴다.
연결과 공간 배치를 나눈다
원자의 연결 관계가 다르면 구조 이성질체로 구별한다. 연결 관계와 결합의 다중성은 같으면서 공간 배열에 차이가 있으면 입체 이성질체를 다룬다. 두 경우를 구별하려면 먼저 원자가 연결된 순서를 확인하는 것이 도움이 된다.
그림 방향만 다른 경우
같은 분자를 종이 위에서 회전시켜 그렸다는 이유만으로 새로운 이성질체가 되지는 않는다. 그림의 위치나 원자 번호가 달라졌는지보다 실제 구조가 달라졌는지를 비교해야 한다. 분자식이 다른 두 물질도 이성질체 관계로 부르지 않는다.
성질을 비교하는 단위
이성질체들은 물리적 또는 화학적 성질에 차이를 보일 수 있다. 원자 수가 같다고 반응이나 분리 과정에서 같은 물질로 취급할 수는 없다. 물질을 식별할 때 분자식과 함께 구조를 제시하는 이유가 여기에 있다.