RNA를 만드는 효소와의 차이
RNA 중합효소는 RNA 사슬을 합성하는 효소다. 전사 인자는 효소가 적절한 위치에서 작동하도록 돕거나 전사 활성을 조절한다. 같은 전사 과정에 참여하더라도 각각의 역할은 다르며 모든 관련 단백질을 RNA 중합효소라고 부를 수는 없다.
여러 조절 부위
일부 전사 인자는 핵심 프로모터 부근에서 전사 기구의 형성에 참여한다. 다른 인자는 프로모터 주변이나 멀리 떨어진 조절 영역에서 작용한다. 전사 인자를 DNA상의 조절 서열 자체와 혼동하지 않아야 한다. 서열은 결합과 조절이 일어나는 위치이고 인자는 그 과정에 관여하는 단백질이다.
활성화와 억제
전사 조절에는 발현을 높이는 작용과 낮추는 작용이 모두 있다. 한 유전자는 여러 인자의 조합과 상호작용에 영향을 받을 수 있다. 따라서 인자 하나가 존재한다는 사실만으로 모든 표적 유전자가 같은 정도로 발현된다고 결론 내리기 어렵다.
세포 상태와 반응
환경 자극이나 세포 내부 상태가 전사 인자의 활성과 작용을 바꾸면 유전자 발현도 달라질 수 있다. 이는 DNA 서열을 매번 새로 바꾸지 않고도 세포가 반응하는 방법 중 하나다. 전사 조절은 유전자 발현 조절의 한 단계이며 RNA 가공과 번역 이후의 조절까지 모두 대신하는 것은 아니다.