DNA를 잘라내는 과정과의 차이
전사로 만든 RNA를 가공하는 과정이므로 일반적인 전구 mRNA 스플라이싱에서 원래 DNA의 인트론 구간이 함께 삭제되는 것은 아니다. DNA의 구성과 RNA 가공 결과를 구분해야 한다. 같은 DNA에서도 RNA 처리 방식에 따라 다른 성숙 전사체가 나올 수 있다.
제거되는 구간과 남는 구간
엑손은 스플라이싱 뒤 해당 성숙 RNA에 남는 구간이다. 그 전체가 단백질의 아미노산 서열로 번역되는 것은 아니며 번역되지 않는 부위도 포함될 수 있다. 따라서 엑손을 무조건 단백질 암호 부위와 같은 뜻으로 쓰거나 인트론을 아무 기능 없는 서열이라고 단정하면 부정확하다.
연결 위치의 중요성
인트론의 경계를 인식하고 RNA를 정확히 이어야 한다. 연결 위치가 달라지면 성숙 RNA의 서열이나 번역할 수 있는 구간이 바뀔 수 있다. 스플라이소솜은 RNA와 단백질로 이루어진 복합체이며, 모든 종류의 RNA 스플라이싱이 같은 기구만을 사용하는 것은 아니다.
다른 가공과의 관계
진핵생물의 mRNA 성숙에는 스플라이싱 외에도 말단의 변형과 RNA 안정성을 조절하는 과정이 관여한다. 이들을 모두 스플라이싱이라고 부르지 않는다. 또한 RNA의 염기를 바꾸는 편집과 구간을 제거해 이어 붙이는 스플라이싱은 서로 다른 개념이다.